Les principales missions de la CIVIS en termes de gestion de la prévention des inondations sont les suivantes :
- l’exploitation des 14 ouvrages existants de protection contre les inondations (4 à
L’Etang-Salé, 2 à Petite-Ile, et 8 à Saint-Pierre) dans le cadre réglementaire imposé,
- la réalisation des actions inscrites aux PAPI de Saint-Pierre / Le Tampon et de L’Etang-Salé, visant à améliorer la protection des biens et des personnes,
- les études préalables en matière de défense contre les inondations et contre la submersion marine sur le littoral de la CIVIS (exemple du quartier de Bel-Air à Saint-Louis),
- les études spécifiques à la ravine de Petite-Île suite à la tempête Berguitta.