L’organisation et l’exploitation des Transports scolaires sont réalisées sur le territoire de la CIVIS par le biais de marchés publics.

Pour les 4 territoires côtiers, L'Etang-Salé, Saint-Louis, Saint-Pierre et la Petite île, un nouveau marché a été attribué en juillet 2008 pour une durée de 6ans à un groupement d’entreprises représenté par la société SEMITTEL.

Pour le territoire de Cilaos un marché d’exploitation a été attribué le 1er janvier 2005 à la société Transport C-Joseph.

Pour le territoire des Avirons le marché en cours anciennement sous gestion départementale va être renouvelé.
Conformément à la règlementation en vigueur, la collectivité assure un service de ramassage le matin et un autre le soir.

Afin d’améliorer la qualité du service la CIVIS à mis en place un système d’accompagnateurs réalisé uniquement sur les lignes desservant les maternelles. Ce système est assuré depuis le 1er janvier 2010 exclusivement par des agents de la CIVIS formés à ces missions.

Le service de transport scolaire est proposé aux enfants habitants le territoire de la CIVIS, scolarisés de la Maternelle au Lycée.

Un bulletin d’inscription doit être au préalable rempli auprès d’une agence du réseau ALTERNEO.

En fonction du quotient familiale. Une fois inscrit l’élève se verra attribuer une carte nominative, la carte COOL+, lui permettant non seulement d’utiliser le service de transport scolaire mais également le réseau de Transport urbain dans son intégralité de façon illimité.